في الأيام الأخيرة من شهر يناير عام 1994، عُقد في موسكو الاجتماع التأسيسي للجمعيات الدينية في الجزء الاوسط ــ الأوروبي من البلاد لتوحيدها ضمن منظمة مركزية " الإدارة الدينية لمسلمين تحت رعاية المسجد الجامع بموسكو
وفي 29 يناير 1994، أقيمت أمسية احتفالية رسمية في صالة سينما "أكتوبر" بموسكو احتفاءً بتأسيس الإدارة الدينية
وخلال انعقاد جلسات المجلس التأسيسي للجمعيات الدينية الإسلامية في الجزء الأوروبي من روسيا، تم انتخاب فضيلة الشيخ راوي عين الدين لمنصب المفتي، وكذلك رئيسًا للإدارة الدينية  لمسلمي الجزء الاوسط ــ الأوروبي من روسيا، والتي أعيد تسميتها فيما بعد عام 1998 إلى الإدارة الدينية لمسلمي الجزء الأوروبي من روسيا
وفي عام 1996، خلال انعقاد المؤتمر الأول لقادة الإدارات الدينية لمسلمي روسيا، تم انتخاب سماحة المفتي الشيخ راوي عين الدين رئيسًا لمجلس شورى المفتين لروسيا
وخلال جلسات المؤتمر السادس للادارة الدينية لمسلمي الجزء الأوروبي من روسيا، المنعقد في 21 سبتمبر 2014 في موسكو، اتخذ المؤتمرون قراراً  باعادة تسمية الادارة لتصبح " الإدارة الدينية لمسلمي روسيا الاتحادية"، وفي 25 نوفمبر 2014، أصدرت وزارة العدل الروسية شهادة تسجيل المنظمة الدينية المركزية "الإدارة الدينية لمسلمي روسيا الاتحادية". والذي كان يُعد في الحقيقة اعترافاً رسمياً على إعادة تسمية المنظمة الدينية المركزية باسم الادارة الدينية لمسلمي روسيا الاتحادية
ويقع مقر الادارة الدينية لمسلمي روسيا الاتحادية، ومقر إقامة رئيسها سماحة المفتي الشيخ راوي عين الدين في مجمع المسجد الجتمع بموسكو، ويعتبر المؤتمر العام للادارة أعلى هيئة لاتخاذ القرارات، والذي يضم السادة الأئمة مندوبي الجمعيات الدينية المحلية في مختلف المناطق التابعة للادارة الدينية لمسلمي روسيا الاتحادية
وتشرف هيئة الرئاسة ورئيس الادارة بشكل مباشر على أنشطة الادارة الدينية لمسلمي روسيا الاتحادية. وبحسب النظام الداخلي للادارة يتم انتخاب رئيس الادارة الدينية لمسلمي روسيا الاتحادية لمدة خمس سنوات