С первых дней создания Московского муфтията одним из определяющих направлений его деятельности является благотворительная помощь нуждающимся мусульманам. Накопившийся опыт в этом направлении позволяет говорить о сложившейся системе оказания материальной помощи и моральной поддержки социально незащищенным слоям населения. На особом учете в отделе благотворительности ДУМЕР состоят свыше 1000 человек, в основном престарелые и больные люди, за которыми осуществляется постоянный уход и контроль за условиями жизни. Они получают регулярную ежемесячную денежную поддержку, некоторые виды медицинской помощи (обеспечение лекарствами, консультации врача-офтальмолога и т.д.). В поле внимания находятся и семьи, имеющие 10 и более детей, им оказывается регулярная материальная помощь - деньгами, одеждой, обувью и т.д.  В условиях экономического кризиса и острых социальных и межнациональных проблем в Московский муфтият обращаются беженцы из бывших республик СССР, дети-сироты, люди без определенного места жительства, освобожденные из мест заключения, погорельцы. По специальному решению Президиума ДУМЕР из пожертвований, собранных во время пятничной молитвы (джума намаз) и мусульманских праздников Ураза-байрам и Курбан-байрам, этим особо нуждающимся категориям населения оказывается разовая помощь. В период с 1996-1998 г.г. муфтият оказал гуманитарную помощь религиозным объединениям Пензенской, Ярославской, Нижегородской и Костромской областей, республик Татарстан и Мари-Эл. В рамках благотворительных программ ДУМЕР следует отметить общественно значимую роль Попечительского Совета. Созданный в 1995 году как структурное подразделение Московского муфтията Попечительский Совет оказывает регулярную материальную помощь детям сиротам, домам-интернатам и больницам. Под его опекой находятся студенты Высшего Духовного исламского колледжа, медресе "Исмаилия", ученые, занимающиеся исламской проблематикой. Благодаря своевременной материальной поддержке Попечительского Совета была издана книга известного ученого-филолога В.Д. Ушакова "Фразеология Корана" (Москва, "Восточная литература", 1996), проведены ряд важных мероприятий - участие в строительстве и открытии мечетей на Поклонной горе в Москве, в селах Нижегородской области, в Орехово-Зуево, Солнечногорске, Ярославле. Заметно укрепилось сотрудничество между религиозными организациями Духовного Управления мусульман Европейской части России с местными органами власти в субъектах РФ; входит в обычную практику посещение региональных религиозных объединений, встречи с губернаторами Ярославской, Ивановской, Нижегородской, Пензенской, Тверской и др. областей. В рамках благотворительной деятельности активисты Московского муфтията оказывают помощь и консультации в решении житейских вопросов, часто обращаясь в отделы социального обеспечения, юридические службы, различные медицинские учреждения. Третий год ведутся женские специализированные курсы по знакомству мусульман с религиозными обрядами, исполнение которых, особенно обряд захоронения с учетом всех формальностей, волнует многих верующих старшего поколения. Этой нужной и благородной работой занимается "Ассоциация женщин-мусульманок" ДУМЕР. С осени 1998 года Московский муфтият совместно с "Региональным Общественным фондом помощи заключенным" приступил к реализации программы помощи осужденным. В октябре 1998г. имамы Московской Соборной мечети и активисты "Ассоциации женщин-мусульманок" с благотворительной миссией побывали в женской колонии УУ 163/5, расположенной в Можайске Московской области, в исправительно-трудовых учреждениях Москвы и Московской области. Имам Тверской Соборной мечети Фянис Билялов ведет религиозно-воспитательную работу с осужденными мусульманами в местах лишения свободы Тверской области, ходатайствует об организации молитвенной комнаты для выполнения необходимых мусульманских ритуалов и предписаний. В своей повседневной благотворительной деятельности Московский муфтият опирается на братскую помощь и большой накопленный опыт международных и зарубежных благотворительных фондов и организаций. Это прежде всего касается Российского благотворительного Фонда "Ибрагим бин Абдулазиз Аль Ибрагим", действующего в РФ с 1992г., и имеющего среди российских мусульман заслуженный авторитет и хорошую репутацию. Фонд в рамках установлений Священного Корана и Сунны Пророка, а также согласно своего Устава осуществляет "всемерное укрепление и усиление исламского вероучения" и придает особую важность "отведению угрозы бедности от мусульман". В активе Фонда много запомнившихся мусульманам России добрых дел: раздача продовольственной помощи прихожанам Московской Соборной мечети (1992г.), частичное финансирование учебного процесса в Высшем духовном исламском колледже, поддержка в проведении конкурсов на лучшее знание Корана, издание богословско-образовательной литературы, в том числе из серии "Программы по изучению шариатских наук" и многое другое. Значительный вклад в возрождение мусульманской духовности сделал и делает благотворительный фонд "Хиляль", в активе которого строительство и реставрация мечетей в Омске, Новосибирске, Москве, Нижнем Новгороде и области, а также проведение важных культурно-просветительских мероприятий общегородского значения. Нашли свое место в благотворительных программах Московского муфтията акции благотворительного Фонда "Зам-Зам", культурно образовательного Фонда "Бедир"; упоминавшегося "Комитета мусульман Азии", а также созданных в 1998г. благотворительных фондов "Ансар" и "Ихлас".